提速近10倍 !基于深度学习 的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据 的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用 ,为智能设计育种及平台构建提供有效工具 。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上 。
全基因组选择作为新一代育种技术 ,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体 的预测和选择 ,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程 ,节约成本 ,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心 ,极大地影响了全基因组预测 的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型 ,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力 ,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择 的预测能力。
该研究团队以玉米 、小麦和番茄3种作物 的4种不同维度 的群体数据为测试材料 ,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法 。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测 ;算法设计中包含批归一化层 、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度 ;预测精度稳健 ,在小型数据集上 的表现与目前主流预测模型相当 ,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近 ,比已有深度学习方法提速近10倍 ;超参数调整对用户更加友好 。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目 的支持 。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
以新安全格局保障新发展格局******
作者:徐明(北京市习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心特约研究员、中国社会科学院大学国家治理现代化与社会组织研究中心主任)
党 的二十大报告提出 ,“统筹发展和安全,全力战胜前进道路上各种困难和挑战”“以新安全格局保障新发展格局” 。立足新发展阶段,构建新发展格局 ,推动高质量发展 ,必须抓好发展和安全两件大事 ,有效防范和应对各类风险挑战。
处理好发展和安全 的关系
发展 是党执政兴国的第一要务,是解决我国一切问题的基础和关键。国家安全是民族复兴的根基,是安邦定国 的重要基石。谈及发展和安全的关系,习近平总书记指出,“我们越来越深刻地认识到,安全 是发展 的前提,发展 是安全的保障” 。
新时代以来 ,我们坚持加强党 的全面领导和党中央集中统一领导 ,着力推动高质量发展 ,坚决维护国家安全 ,防范化解重大风险,保持社会大局稳定 ,牢牢掌握了我国发展和安全主动权 ,取得了伟大成就 。我国国内生产总值增长到114万亿元,经济总量稳居世界第二位 。谷物总产量稳居世界首位,14亿多人 的粮食安全、能源安全得到有效保障。持续加强科技创新和制度创新 ,增强产业链供应链自主可控水平 ,经济实力 、科技实力 、综合国力跃上新的大台阶。
同时也要清醒看到,世界百年未有之大变局加速演进,逆全球化思潮抬头,单边主义 、保护主义明显上升 ,来自外部 的风险挑战始终存在并日益凸显 。我国推进高质量发展还有许多卡点瓶颈,确保粮食、能源、产业链供应链可靠安全和防范金融风险还须解决许多重大问题。我国发展进入战略机遇和风险挑战并存 、不确定难预料因素增多 的时期,各种“黑天鹅”“灰犀牛”事件随时可能发生,需要应对 的风险挑战 、防范化解的矛盾问题比以往更加严峻复杂 。
迈上全面建设社会主义现代化国家新征程,必须处理好发展和安全 的关系 ,努力实现高质量发展和高水平安全 的良性互动 。一方面 ,要善于运用发展成果夯实国家安全的实力基础 。完整 、准确 、全面贯彻新发展理念 ,坚持高水平对外开放 ,加快构建以国内大循环为主体、国内国际双循环相互促进 的新发展格局,为全面建成社会主义现代化强国奠定坚实 的物质技术基础 。另一方面,要善于塑造有利于经济社会发展的安全环境 。坚定不移贯彻总体国家安全观 ,把维护国家安全贯穿党和国家工作各方面全过程,确保国家安全和社会稳定 。
加强重点领域安全能力建设
党的二十大报告对“加快构建新发展格局,着力推动高质量发展”以及“推进国家安全体系和能力现代化 ,坚决维护国家安全和社会稳定”进行了重要部署 。新时代新征程 ,更好统筹发展和安全,必须坚持党的全面领导特别是党中央集中统一领导 ,坚持发展和安全并重,加强重点领域安全能力建设 。
着力提升产业链供应链韧性和安全水平。产业链供应链稳定安全是构建新发展格局的基础 。要加快建设现代化产业体系,围绕制造业重点产业链 ,找准关键核心技术和零部件薄弱环节,集中优质资源合力攻关 ,保证产业体系自主可控和安全可靠 。为此 ,既要通过拉长长板巩固提升优势产业 的国际领先地位 ,也要通过补齐短板尽快解决一批“卡脖子”问题 。此外,还要做强做大龙头企业,做专做精中小企业,以龙头企业引领产业链供应链上下游创新生态系统建设,深化在创新研发、市场开拓等方面的合作 ,推进产业链、价值链、创新链、人才链和资金链的融合 。要保持并巩固我国制造业传统优势以“稳链”,推动战略性新兴产业融合集群发展以“强链”,形成必要 的产业备份系统以“补链” ,推进产业链供应链布局优化调整以“优链”。
增强国内大循环内生动力和可靠性 。要把实施扩大内需战略同深化供给侧结构性改革有机结合起来,既扩大有效需求 ,又提升供给体系对国内需求 的适配性 ,从需求侧和供给侧两端发力 ,畅通国民经济循环,提高发展质量和内生动力 。要依托国内超大规模市场优势,更好发挥消费的基础性作用 ,充分发挥投资 的关键作用。要建立适应消费升级和多元化消费需求 的供给体系,积极推动产业结构优化升级,着力振兴实体经济 。要通过预期管理和系统化设计 ,在关系国家安全 的领域和节点构建自主可控 、安全可靠 的国内生产供应体系,在关键时刻可以做到自我循环,确保在极端情况下经济正常运转。
提升国际循环质量和水平。当前,全球产业结构和布局调整既带来新挑战也孕育着新机遇 。提升国际循环质量和水平,需要坚持推进高水平对外开放 ,深度参与全球产业分工和合作,增强国内国际两个市场两种资源联动效应。一是要继续扩大商品和要素流动型开放 ,提升贸易投资合作质量和水平,推动我国产业转型升级,向全球产业链价值链中高端迈进 。二是要稳步扩大规则、规制、管理、标准等制度型开放,营造市场化、法治化、国际化一流营商环境。三是要完善安全审查制度 ,健全与开放相适应的风险防范和安全保障体系 ,增强在对外开放环境中动态维护国家安全 的本领 。
加快构建新发展格局 是关系我国发展全局的重大战略任务 。牢牢守住安全发展这条底线 , 是构建新发展格局的重要前提和保障。要推进国家安全体系和能力现代化 ,加快构建与新发展格局相适应的新安全格局 ,在确保国民经济循环畅通的同时,增强我国在全球产业链供应链创新链中 的影响力 。
(文图 :赵筱尘 巫邓炎)